Né le 8 avril 1965 à Ôsaka.
Alors qu’il était étudiant à la faculté d’économie de l’université de Kyôto en 1985, il commence sa carrière de mangaka dans le magazine de prépublication Young Jump de Shueisha, avec Namakemono ga miteta (litt. « Le fainéant regarde ») : la série sera couronnée de succès et comptera 11 tomes.
Il continue à dessiner plusieurs séries yonkoma (litt. « 4 cases », œuvre dans laquelle chaque scène fait 4 cases, présentées généralement verticalement) dans les années 90.
En 2000, il décroche le prix d’excellence du Japan Media Arts Festival, catégorie bande dessinée avec Paji, une œuvre en 9 tomes qui aura également une adaptation en série télévisée. Jusqu’à présent auteur de séries légères et « sans synopsis », il scénarise pour la première fois une histoire avec Le Chien gardien d’étoiles, dont la prépublication commence dans le magazine Manga Action de Futabasha en 2008 et qui sera auréolée du prix d’excellence du Japan Media Arts Festival la même année. Ce one-shot poignant rencontre donc un franc succès et aura un second tome en 2011. Dans les années 2010, Takashi Murakami oscillera ainsi entre plusieurs genres : allant du tragique L’Oiseau bleu (2014) à l’émouvant PINO (2020) tout en continuant les histoires humoristiques ou en s’essayant même aux histoires de détective, avec Tantei Minarai Akio (litt. « Apprenti Détective Akio… »).